Метод состоит в том, что целевой ген клонируют, изменяют в нем кодируемую последовательность в «ошибочном» направлении и переносят его с сильным промотором в модифицируемое растение. Так, фирма «Calgen» получила трансгенный сорт томата, у которого смысловой ген, участвующий в синтезе этилена и определяющий скорость созревания томатов, был преобразован в антисмысловой, что уменьшило интенсивность образования этилена и позволило продлить срок хранения плодов. Аналогично введение в растительный геном антисмыслового гена вируса позволяет нарушить нормальный процесс размножения последнего. Показано, что этот метод более приемлем для вирусов, размножающихся в ядре, чем для вирусов, размножающихся в цитоплазме.