Цвітіння.
Соя починає цвісти близько 7 год. і продовжує до 11-ї дня. Окремі квітки відкриваються до 16 год. Квітки сої не мають нектару, тому їх відвідує мало комах (тріпси, дрібні оси, жуки, в поодиноких випадках — бджоли). Найбільш сприятлива температура для цвітіння 21°С, якщо сумарна кількість сонячних годин складає не менше 350; мінімальна температура — 1618°С, максимальна — 28°С. Квітки сої зацвітають майже одночасно на головному стеблі і бічних гілках. У скоростиглих сортів цвітіння починається з нижнього ярусу рослини в основі 23-го трійчастого листка і продовжується до верхівки. У пізньостиглих, деяких середньостиглих і сортів із закінченим ростом цвітіння починається в середньому ярусі, у пазухах 79-го листка і далі поширюється по стеблу вниз і нагору. Видалення квіток стимулює закладку квіткових бруньок у більшій кількості, найчастіше в пазухах листків головного стебла. Кількість квіток збільшується на гілках, як правило, у напрямку до верхівки стебла.
Тривалість цвітіння однієї китиці складає 511 днів, однієї квітки 25 днів. Цвітіння різко підвищується на 46-й день від його початку; зниження відбувається на 710-й день цвітіння в залежності від сорту. В несприятливих умовах у сої частіше спостерігається закрите цвітіння, коли віночок не набуває специфічного кольору, не розкривається і запліднення відбувається при закритій квітці. Соя дуже різко знижує зав’язування насіння і знижує врожай за зниженої температури під час цвітіння. У звязку з цим, важливого значення набуває селекція на підвищення стійкості до холоду під час цвітіння.
Перед розкриття квітки стовпчик і приймочка виходять з кільця пиляків; приймочка стає клейкою. Пилок починає проростати ще усередині пиляків. Пиляки лопаються, і пилок потрапляє на приймочку маточки — відбувається самозапилення. Після запилення маточка піднімається, вітрило відгинається і квітка розкривається вже запиленою; тому сою звичайно відносять до строгих самозапильників. Проте перехресне запилення спостерігається в межах 0,1%. Лише в Північно-Східному Китаї природне перезапилення сортів сої — нерідке явище. Після самозапилення квітка сої протягом дня повільно вяне.
Рослина цвіте від 12 до 24 днів (в залежності від сорту). Першими зацвітають нижні квітки (кількість квіток у суцвітті досягає 15, іноді і більше). Масове розкривання пиляків відбувається з 7.30 до 8.30 зранку (іноді і раніше). Пилок сої кулястий з трьома порами. Найбільш енергійно пилок проростає на приймочках за температури 2028°С.
Схрещування.
Кастрацію сої проводять о 1619 год., а зранку наступного дня о 912 год. — запилення. Для схрещування материнські рослини краще висівати у вегетаційному будиночку, а батьківські — у полі. При кастрації видаляють зубці чашолистків і весь віночок. Цей метод забезпечує до 70% завязування бобів без ушкодження приймочок.
Н.К. Шиманський (1958) рекомендував для селекційних цілей запилення сої без кастрації о 810 год. ранку. Гібридизації сприяє і те, що приймочка готова до запліднення до розкривання пиляків. Для підвищення ефективності кастрації можна використовувати вакуум, створений невеликим насосом, при цьому пиляки відсмоктуються з розкритих квіток разом з повітрям. У сої знайдено декілька неалельних рецесивних мутантів із генною чоловічою стерильністю, що можуть бути використані при схрещуванні без кастрації.